A Fertő tavi vízitelep komplex fejlesztését már a kezdetektől, az első terület-előkészítő munkálatoktól szigorú természetvédelmi monitoring kíséri. Ennek lényege, hogy a területen jellemző élővilág egyes elemeit folyamatosan vizsgálni kell a hatóság által jóváhagyott kutatási terv alapján.